疫情期間采購藥品的會計分錄如下：

1.企業在疫情期間采購的藥品用于日常開支并取得相應發票：

借方：管理費用(根據費用所屬部門計入相關科目)

應交稅費——應交增值稅(進項稅)

貸款：銀行存款

2.企業采購的藥品用于職工福利：

借：應付職工薪酬——職工福利基金。

貸：庫存藥品——。

應交稅費——應交增值稅(轉出進項稅)

企業在疫情期間購進的藥品，可根據實際情況通過“管理費用”或“應付職工薪酬”科目處理。對于外購藥品用于職工福利的情況，根據《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第27條規定，為集體福利或個人消費而采購的貨物，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣，因此需要將已抵扣的進項稅額進行轉移。